第212章 计算生物学研究 三
理论模型跑通了,但生物学终究是一门实验科学。
再完美的数学模型,如果不能在真实的细胞里得到验证,那也只是一堆漂亮的废纸。
毕竟,在生物学界流传著一句至理名言:“模型是丰满的,细胞是骨感的,而实验结果往往是性感的——因为它总是充满了意外。”
徐辰设计的验证方案非常直接,甚至可以说是“简单粗暴”。
他选择大肠桿菌作为底盘细胞,目標產物设定为工业上价值极高的“琥珀酸”。
实验的核心逻辑在於验证那个“反直觉”的预测:
在传统的代谢工程中,想要提高琥珀酸的產量,通常的做法是过表达合成路径上的酶。但这往往会带来严重的“代谢负荷”——细胞把能量都拿去生產琥珀酸了,就没有能量去生长分裂,导致菌体生长缓慢,最终总產量反而上不去。这就是著名的“生长-生產权衡”。
而徐辰的模型预测,如果精准控制pfk(磷酸果糖激酶)和pyk(丙酮酸激酶)这两个关键节点的活性,將其压低到野生型的35%-40%之间,这是一个极窄的窗口,这样就能在不影响细胞生长速率的前提下,强行改变碳通量的分配,实现“生长偶联生產”。
验证標准很简单:如果菌体长得慢,產量高,说明模型平平无奇,只是重复了前人的老路。如果菌体长得快,產量低,说明模型失效,没能截留碳源。只有当菌体长得快,且產量暴增,才证明徐辰找到了那个上帝遗留的“后门”。
……
徐辰拿著那份“关键调控节点列表”的实验结果,再次敲开了陈志华教授的办公室。
“陈老师,模型跑出来了。”徐辰开门见山,“我找到了几个关键的调控靶点,理论上,只要对这几个酶进行扰动,就能大幅度改变代谢流的走向,比如……提高某种產物的產量。”
陈志华接过列表,扫了一眼,眉头微微一挑。
“pfk?pyk?徐辰,你这选的可都是『硬骨头』啊。”
陈志华放下纸张,语气变得严肃起来:“你要知道,这两个酶是糖酵解途径的『看门人』。早在19世纪,路易斯·巴斯德就发现了著名的『巴斯德效应』,其核心机制就是这两个酶对atp/amp比率的敏感响应。它们不仅控制著葡萄糖的分解速度,还受到柠檬酸、磷酸烯醇式丙酮酸等十几种代谢物的变构调节。”
“它们是细胞代谢网络里最敏感的枢纽,牵一髮而动全身。以前有不少人试图动这两个点,结果要么是细胞代谢紊乱,胞內中间產物堆积导致酸中毒直接饿死,要么就是细胞启动了旁路代谢,完全绕过了你的设计,没有任何效果。”
“我的模型考虑到了变构调节。”徐辰指著列表后面的一组参数,语气篤定,“传统的调节是『开关式』的,要么敲除,要么过表达。但我的模型计算出了一个『安全区间』。只要通过启动子工程,把酶活性精確控制在这个区间內,就能骗过细胞的监控系统,在它『没反应过来』的时候,把代谢流偷走。”
“哦?”陈志华眼中闪过一丝惊讶,“你是说,你想在细胞的眼皮子底下搞走私?这要是能成,那可是突破了代谢工程的天花板啊。”
“所以,我想跟您借实验室验证一下。”徐辰说道。
“没问题!”陈志华大手一挥,“实验室隨便你用,试剂耗材走我的经费。不过,这种精细调控的实验工作量可不小,构建菌株、筛选启动子、发酵测试……光是gibson组装就得做几十次,你一个人忙得过来吗?要不要我给你派个熟手?”
徐辰犹豫了一下。
虽然陈教授很大方,但他心里有自己的盘算。这个课题是他独立立项的,並未掛靠在陈教授的项目下。借用场地和仪器已经是欠了人情,如果再占用人家博士生的时间,甚至花人家的经费买试剂,那就有点不懂事了。
毕竟博士生都有自己的毕业压力,谁愿意给一个大一本科生打白工?
“不用了,陈老师。”徐辰笑了笑,婉拒道,“我自己做就行,反正我最近课不多,多花几个晚上熬一熬也就出来了。至於试剂,我自己买点通用的就行。”
就在这时,一个声音从门口传来。
“陈老师,让我来帮他吧。”
徐辰回头一看,只见刘伟正站在门口。他手里拿著一盒刚提出来的质粒,身上的白大褂虽然有些旧,但洗得乾乾净净。
那个曾经满脸鬍渣、眼神涣散的“延毕博士”,此刻看起来精神了不少,虽然髮际线依然倔强地靠后,但眼里的光回来了。
“老刘?”徐辰有些意外。
“徐神,別跟我客气。”刘伟走进来,把质粒放在桌上,冲徐辰咧嘴一笑,“我最近那个新课题刚做到质粒构建阶段,等菌长起来还得十几个小时,中间全是空档期,閒著也是閒著。”
见徐辰还要推辞,刘伟摆了摆手,压低声音说道:“再说了,上次要不是你把那个造假雷给排了,我现在估计已经被退学回家种地了。现在你有个这么狂野的想法,我这个当师兄的,別的本事没有,帮你提提质粒、跑跑板子还是没问题的。”
陈志华看著这一幕,笑著点了点头:“行,刘伟是咱们实验室手最稳的老人了。有他帮你,我也放心。就这么定了。”
“那就麻烦师兄了。”徐辰也不再矫情,笑著伸出手,“等论文发了,二作给你留著。”
“別別別!”刘伟嚇了一跳,连连摆手,“我就打个下手,哪敢蹭你的二作。你能带我见识见识你怎么用数学『算命』,我就知足了。”
“一码归一码。”徐辰语气坚定,“没有你的金手指,我这模型也就是纸上谈兵。咱们这是乾湿结合,缺一不可。”
刘伟看著徐辰认真的眼神,心里涌过一阵暖流,重重地点了点头:“行!那我就跟著徐神混了!”
……